Мустафа родился в 1515 году в Манисе. Мустафа был «шехзаде» — наследным принцем. Однако, по мнению некоторых историков Сулейман I хотел, чтобы султаном стал старший сын Хюррем Султан, Мехмед. В 1541 году Сулейман отдалил от себя Мустафу, передав власть в Манисе Мехмеду, а Мустафе — Амасью. По существовавшей в Османской империи традиции наследные принцы должны были жить в ближайшей к столице провинции, а так как Амасья была дальше от Стамбула, чем Маниса, то, соответственно, и шансы Мехмеда были выше, чем у Мустафы. В 1544 году, после скоропостижной смерти Мехмеда, Сулейман отправляет в Манису своего сына, Селима. Другой сын, шехзаде Баязид, был отправлен сначала в Конью, а затем и в Кютахью, которые также были ближе к Стамбулу, чем Амасья.

Мать Баязида, Хюррем Султан, всячески старалась помочь своему сыну стать следующим султаном. Мустафа успешно правил в Амасье в течение 12 лет. Во время второй кампании Сулеймана в 1547 году султан проводил встречи со своими сыновьями Селимом, Баязидом и Мустафой в ходе которых обсуждал с ними политическую ситуацию в империи.

В ситуации, когда из трёх претендентов на престол двое были сыновьями Хюррем Султан, жизни Мустафы угрожала опасность, и его мать Махидевран стала постоянно следить за тем, чтобы её сына не отравили